一艘海上自卫队潜艇与一艘美国核潜艇发生碰撞，导致包括舰长海江田四郎在内的76名船员全部遇难。但事实是这些船员并没有死，这起事故只是个幌子，目的是让该艘海上自卫队潜艇的船员登上日本和美国政府秘密建造的高性能核潜艇海蝙蝠号。 然而海江田却在给海蝙蝠号装载核导弹后，突然叛变逃跑了。

かわぐちかいじの同名マンガを映画化した「沈黙の艦隊」の続編にあたる物語が後半で紡がれる。